La bioinformatique est une science jeune aux contours encore mal définis,
qui aborde des problèmes de biologie moléculaire à l'aide de représentations
formelles des entités et des mécanismes biologiques d'intérêt. Sur la base
de ces représentations, il est possible de poser des questions théoriques
précises dont la résolution passe par la conception de nouveaux algorithmes,
mais également de tester des hypothèses biologiques en confrontant
prédictions informatiques et données réelles.
Les phases de développement théorique de la bioinformatique sont
traditionnellement " tirées " par des progrès dans les technologies de
production de données expérimentales. Ces dix dernières années, les efforts
se sont essentiellement portés sur l'analyse de séquences et sur la
prédiction de structure 3D des protéines.
La disponibilité de séquences complètes de nombreux organismes et l'arrivée
d'une masse critique de données d'un type nouveau (expression des ARN et des
protéines, interactions entre protéines, liens génotype-phénotype) permet
depuis peu d'aborder des problèmes plus globaux.
Nous évoquerons notamment :
- le problème de la détermination de la fonction d'un gène ou d'une protéine
à partir d'ensembles d'indices expérimentaux de nature différente
- le problème de la conception de " bonnes " représentations pour les
processus cellulaires, lié à celui de la déduction de ces processus à partir
des données expérimentales diverses de type " interaction ".